Intel oznámila spoluprácu s Broad Institute of MIT a Harvard, aby pomohla lekárskym výskumníkom zdieľať a spracovávať dôležité medicínske údaje v boji proti rakovine.
Cieľom novej spolupráce je urýchliť výskum genómu. Genomické údaje zahŕňajú sekvenciu DNA jednotlivca a sú kľúčové pre vytvorenie presných liečebných postupov rakovina, ale čas, ktorý v súčasnosti trvá objednanie a oznámenie týchto údajov, brzdí výskumu.
S cieľom pomôcť, Broad Institute spolupracuje so spoločnosťou Intel na poskytovaní cloudového prístupu k svojmu softvérovému balíku Genome Analysis Toolkit (GATK) a na spoločnom vývoji nových nástrojov. to výskumníkom uľahčí ukladanie a spracovanie obrovského množstva genómových údajov a pomôže to lekárom vypracovať cielené liečebné plány. pacientov.
Spoločnosť Intel už používa analytické nástroje založené na cloude v rámci kolektívnych súborov údajov z Oregon Health Sciences University Dana-Farber Cancer Institute a Ontario Institute for Cancer Research ako súčasť svojho projektu Collaborative Cancer Cloud, najprv oznámil oIDF 2015.
Hore: The Broad Institute
„Veci, ktoré robíme s Broadom, budú len vykonávať tieto nástroje v rámci tejto spolupráce rýchlejšie, lepšie a lacnejšie,“ povedal Bryce Olson, globálny marketingový riaditeľ Health and Life Sciences at Intel. "Potom, ako sa Collaborative Cancer Cloud rozširuje a rastie, pomôže výskumníkom objaviť veci rýchlejšie a urobiť veci pre pacientov, ako som ja, oveľa lepšie."
Pozri súvisiace
Olson sám prežil rakovinu, čiastočne vďaka cielenému plánu liečby drogami, ktorý vyplynul z údajov o genómovom sekvenovaní. Vysvetlil, že partnerstvo s Broad Institute je najnovším v snahách Intelu uľahčiť novú úroveň spolupráce v medicínskom výskume.
"Dnes s genomickými údajmi naozaj neexistujú žiadne databázy," povedal Olson. „Neexistuje žiadna štandardná databáza. Keď pracujete na niečom, ako je spúšťanie GATK na zisťovanie variantov, v podstate čítate a zapisujete do týchto obrovských textových súborov. Prvýkrát teraz bude existovať skutočná databáza, ktorá môže veci urýchliť.“
Vyvíjané nástroje zahŕňajú GenomicsDB, optimalizovanú verziu TileDB, ktorú vyvinuli výskumníci MIT a Intel pracujúci v Intel Science and Technology Center for Big Data. K dispozícii je tiež Cromwell, nástroj na vykonávanie pracovného toku, ktorý je rozšírený o podporu viacerých vstupných jazykov a spúšťanie na viacerých backendoch súčasne. TileDB aj GenomicsDB sú vydávané ako open-source nástroje.
Partnerstvo s Broad predstavuje najnovší míľnik v rozširujúcom sa Collaborative Cancer Cloud od Intelu. Koncom marca sa do projektu veľkých dát zapojili Dana-Farber Cancer Institute a Ontario Institute for Cancer Research a Olson verí, že kolaboratívna genomická analýza sa bude naďalej rozvíjať ako kľúčová zbraň v boji proti rakovine a iným život ohrozujúcim choroby.
"V budúcnosti vidím, že všetci pacienti s rakovinou dostanú genómové sekvenovanie," povedal Olson. „Mutácie, ktoré sa nachádzajú v ich nádoroch, budú známe a pochopené. Bude existovať priame spojenie medzi týmito mutáciami a cielenými liečebnými plánmi, ktoré zmenia rakovinu na zvládnuteľnú chorobu.“
